Le Parc national naturel des Trois-Baies (PN3B) constitue une réserve de biodiversité. Une étude, intitulée «Inventaire écologique de référence pour le Parc national des Trois-Baies» publiée en 2016 par The Nature conservancy avec le support de la Banque interaméricaine de développement (BID), avait recensé 179 espèces indigènes de plantes vasculaires dans l’ensemble du parc, y compris cinq espèces végétales inscrites sur la liste rouge (espèces menacées) de l’Union internationale pour la conservation de la nature (UICN).

Dans cette même recherche, des relevés effectués sur les zones terrestres côtières ont permis de recenser  95 espèces d’oiseaux, parmi lesquelles 22 étaient des espèces migratrices non reproductrices. « Les espèces d’oiseaux indigènes rares observées comprenaient l’amazone d’Hispaniola (Amazona ventralis), le flamant des Caraïbes (Phœnicopterus ruber), la spatule rosée (Platalea ajaja) et l’ibis blanc (Eudocimus albus) », précise l’étude qui décrit les espèces marines et terrestres du parc.