Le Congrès s’ouvrit le 22 juin 1826 dans l’ancien couvent de San Francisco et s’acheva le 15 juillet. Simón Bolívar l’avait convoqué par une circulaire adressée, en décembre 1824 depuis Lima, aux gouvernements du continent américain. Le Libérateur y proposait une base commune aux jeunes républiques issues de l’Empire espagnol : une assemblée de plénipotentiaires chargée de régler leurs différends et d’organiser leur défense contre toute reconquête. On l’appela le Congrès amphictyonique, en écho à la ligue grecque antique. Bolívar promettait que la postérité y chercherait un jour l’origine du droit public américain. Il désignait aussi Panama, au centre du continent, comme le point de rencontre naturel des nations émancipées.

Six délégations prirent part aux travaux ou y furent attendues. La Grande Colombie, qui regroupait alors la Colombie, le Venezuela, l’Équateur et le Panama, siégeait aux côtés du Mexique, du Pérou et des Provinces-Unies d’Amérique centrale (fédération regroupant les nations centraméricaines). L’Argentine, le Chili et le Brésil déclinèrent l’invitation. Le Royaume-Uni et les Pays-Bas envoyèrent des observateurs. L’émissaire des États-Unis, lui, n’arriva qu’une fois les travaux terminés.